Esordisce in panchina con l’Ebolitana, in Interregionale, nella stagione 1988-89.

Dopo alcune stagioni nelle serie inferiori campane, coglie una promozione dalla Serie D alla Serie C2 con l’Altamura[4], ripetendosi la stagione seguente, stavolta a Cava de’ Tirreni.

Nel 2007-2008, alla guida della Juve Stabia, conquista una salvezza ormai insperata, arrivando 15º in serie C1 girone B, battendo il Lanciano 1-0 nella finale dei play-out.

Nella stagione 2009-2010 guida il Potenza in una stagione travagliata, che si concluderà con la retrocessione d’ufficio della squadra. Capuano riesce comunque ad ottenere, nelle ultimissime giornate, i risultati che sarebbero valsi ai lucani la salvezza sul campo, dimostrando grande carattere e attaccamento alla squadra, già condannata dalla giustizia sportiva. Nell’agosto 2010 viene ingaggiato dal Messina; poiché la società peloritana non ha effettuato il ripescaggio in Lega Pro Seconda Divisione 2010-2011 si dimette dopo una settimana.

Dopo esperienze con alterne fortune, fra C2 e C1 (poi Lega Pro Prima Divisione), nel 2010 la grande occasione nella serie A belga, con l’Eupen, dimettendosi, però, dopo quattro gare[5].

Il 1º novembre dello stesso anno ritorna sulla panchina della Paganese[6], sostituendo l’esonerato Pino Palumbo, retrocedendo a fine stagione in Lega Pro Seconda Divisione e rimanendo senza squadra.

Nel mese di gennaio 2012 diventa nuovo allenatore del Fondi al posto dell’esonerato Alessandro Parisella. Nell’ottobre del 2012, in forza della mancanza di risultati che ha caratterizzato l’avvio di stagione della squadra, la società del Fondi calcio decideva di esonerare Capuano dalla guida tecnica del team militante nella Seconda Divisione di Lega Pro.

Il 18 luglio 2013 viene presentato dal presidente della Casertana[7] Giovanni Lombardi come nuovo tecnico dei rossoblu; tuttavia anche in questo caso la sua esperienza in panchina durò poco: Capuano venne esonerato dopo appena tre giornate di campionato, dopo un pareggio e due sconfitte.

Il 10 giugno 2014 assume la guida tecnica dell’Arezzo[8], compagine militante in Lega Pro dopo il ripescaggio dalla Serie D[9]conducendola a una tranquilla salvezza. A inizio stagione una sua dichiarazione rilasciata al termine della trasferta persa ad Alessandria (“In campo devono andare gli uomini e non le checche”[10]) scatenerà polemiche e provocherà multe a lui (5mila euro) e alla società (10mila euro)[11]. Il 7 aprile 2015 firma il rinnovo biennale con la società toscana[12][13][14].

L’8 ottobre 2015 dopo la partita amichevole tra Lucignano (una squadra di promozione toscana) e Arezzo persa dagli amaranto viene agli onori della cronaca e si rende protagonista per una sfuriata e uno sfogo molto veemente fatto in spogliatoio ai suoi giocatori che viene registrato dal giocatore Nicolò Sperotto e caricato su internet facendo il giro del web. Nonostante le scuse di Sperotto per l’accaduto, il giocatore viene prima messo fuori rosa e poi gli viene rescisso il contratto.[15][16][17]

Il 17 aprile 2016 dopo un periodo di sette partite senza vittorie di cui quattro delle ultime quali perse consecutivamente, viene esonerato insieme al suo staff.[18]

Il 28 Novembre 2016 rescindre il contratto con l’Arezzo Calcio e diviene nuovo allenatore del Modena Football Club.